目前，上海共有10家中小型加工贸易企业实行了电子手册联网，其中9家企业均委托代理公司使用上海海关EDI申报系统进行报关申报。根据电子手册现有业务流程，企业需要在报核阶段向海关申报核销期内的报关单数据，由于委托报关模式造成企业本地无法自动获取已申报成功的报关单数据，目前只能采用手工录入报核报关单的方法参与核销，此种操作方法不仅降低了报核数据的准确性，海关核销工作的时效性，而且影响了企业办理新电子手册的备案申请和下一核销期的通关业务。
为提高报核数据的准确性，减少企业重复录入报核报关单的工作量，上海电子口岸数据中心经过认真讨论， 开发了代理企业EDI报关数据下载系统，具体业务流程方案如下：（1）由报关行定期向上海电子口岸发送所代理的电子手册企业已申报通过的报关单数据。（2）上海电子口岸接收报关行上载的报关单数据，并根据经营单位进行下载数据的权限控制，允许电子手册企业根据申报日期下载所属企业的报关单数据。（3）电子手册企业核对下载的报关单数据，将其纳入本期报核申请中。（4）如遇海关删改单情况，企业手工更新已下载的报关单数据。
目前系统开发已基本完成，预计投入使用后可满足电子手册企业用户以及海关的报核需求，即方便了企业，也提高了报核的准确性，从而为本系统在关区内的全面推广工作打好了基础。
由美华公司提供相关数据，根据安装加贸企业情况提供代理公司和加贸企业的对应关系，亿通提供维护界面进行系统维护。从代理公司EDI申报系统中获取电子审单放行后的报关单数据，再传送给相关的加贸企业，并实现其电子手册系统内部报关单状态的同步更新，从而加贸企业90%以上的报关单状态与海关保持一致；报关单数据在电子审单放行后发生改变，代理公司可及时通知加贸企业，由加贸企业关务人员更新电子手册系统中的报关单状态，确保问题可基本解决。
为此，加贸企业电子手册系统获取代理公司EDI申报系统中的电子审单放行数据，在上海电子口岸设置电子手册报核数据交换系统，提供报关单回执状态数据的发送和接收服务。代理公司端数据采集工具定时从EDI申报平台采集电子放行的报关数据，以FTP方式按照上传至电子口岸网平台。加贸企业端数据接收工具定时通过FTP方式从上海电子口岸数据交换系统中下载自己企业的报关单状态数据，并更新电子手册内部状态。